En 1236 Córdoba es reconquistada para la Corona de Castilla y León por el rey Fernando III El Santo. Se inicia entonces la repoblación cristiana de Córdoba.

En el siglo XV se produce la concentración de tropas de los Reyes Católicos en Córdoba para dar el golpe definitivo al reino de Granada. Aquí es recibido Cristóbal Colón para exponer su proyecto de viaje a las Indias. Una vez tomado el último reducto musulmán, Isabel y Fernando dictan la expulsión de los habitantes judíos de todo el territorio cristiano.

A finales del siglo XVI, Felipe II trata de restablecer la importancia de esta ciudad mandando construir las Caballerizas Reales para crear una nueva raza, el caballo español de pura raza. En honor de este rey se construyó la Puerta del Puente.