W 1236 roku Kordoba zostaje odbita przez Koronę Kastylii i Leonu pod dowództwem króla Ferdynanda III Świętego. Od tej chwili rozpoczyna się ponowne chrześcijańskie zasiedlenie Kordoby.

W XV wieku wojska Królów Katolickich koncentrują się w Kordobie, aby zadać ostateczny cios królestwu Grenady. To tutaj królowie przyjmują Krzysztofa Kolumba i wysłuchują jego planu dotyczącego podróży do Indii. Po zdobyciu ostatniej ostoi muzułmańskiej na Półwyspie, królowa Izabela i król Ferdynand zarządzają wygnanie mieszkańców żydowskich z terytorium chrześcijańskiego.

Pod koniec XVI wieku, Filip II stara się odrestaurować wagę tego miasta i nakazuje wybudowanie Stajni Królewskich, w których ma być stworzona nowa rasa, koń hiszpański czystej krwi. Na cześć tego króla zbudowano Bramę Mostu (Puerta del Puente).